可可西里是青藏高原高寒草原（草甸）向高寒荒漠的过渡区，主要植被类型是高寒草原和高寒草甸，高山冰缘植被也有较大面积分布，高寒荒漠草原、高寒垫状植被和高寒荒漠植被有少量分布。

    （一）、高寒草原。主要建群种有紫花针茅、扇穗茅、青藏苔草、棘豆等。紫花针茅主要分布于东部青藏公路沿线；青藏苔草主要分布在保护区北部和西部地区；扇穗茅主要分布在沱沱河以北的东部地区。这类草原种类组成较混杂，群落结构因土壤质地的变化而有较大差别，盖度一般较低，分布海拔4500~5000米。

    （二）、高寒草甸。主要以高山蒿草和无味苔草为建群种。高山蒿草主要分布在东南部五道梁一带山坡；无味苔草分布于中部和北部山地阴坡或冲积湖滨的冰冻洼地，与其它草原群落复合分布。其群落的种类组成和结构都比较简单，群落的盖度一般较高，海拔4600~5200米。

（三）、高山冰缘植被。是可可西里分布面积仅次于高寒草原的类型，广泛分布于保护区西北部地区，下部带一般以鼠鼬雪兔子为优势的类型，盖度以北比较低；上部岩屑坡往往有个别零星高山植物生长。

  　（四）、垫状植被。在可可西里植物区系中，垫状植物特别丰富。全世界有垫状植物150种，可可西里地区有50种，占青藏高原二分之一，占全世界三分之一。