阿尔金这个无人区是我们从中国的传说神话和电影中了解最多的一个无人区，中国《山海经》传说中的夸父追日就发生在这篇无人区的土地上。

 

    阿尔金山保护区内主要有8条河流组成了高原盆地中的“大动脉”，滋润着广阔的高山草场。8条主要河流的的流域面积达两万平方公里。河流的水量补给主要的两种即冰川融水和出露泉水。保护区内河流形态各异，直泻湖盆；有的时而潜入地下，时而冒出地面，缓缓向盆地洼地汇集；有的水质纯洁；有的矿化度高达71.5克/升。

 

    阿尔金的苏鲁贝提勒克河为保护区最大的河流，原于新青峰北坡，注入阿牙克库木湖，全长280公里，流域面积达6250平方公里。保护区湖泊星罗棋布，总面积1200平里，占保护区面积的2.7%，对调节区内气候起着重要作用。阿牙克库木湖位于保护区北部，面积536平方公里，是保护区内面积最大的湖泊，阿其克库勒湖位于保护区西部，面积352平方公里，矿化度81.6克/升，湖中屹立着两个小岛，远远望去，犹如劈波斩浪前进的舰艇。岛上居住着大量的鸟群。鲸鱼湖位于保护区南部，以形似鲸鱼湖而得名。库木湖和克其克库木湖，维吾尔语称“沙子湖”和“小沙子湖”，位于库木库里沙山上；湖水为沙山凝聚水和基岩裂隙水补给，水质良好，矿化度为0.3克/升，唯一有进出口水的淡水湖伊阡巴达湖，又称“依协克帕提湖”，面积11.8平方公里，形如葫芦，水质较好，湖中生长着钩虾等多种水生生物，湖周围一片菌绿，这里是保护区内唯一有牧民居住的地方，也是“鸟类的天堂”。

 

    积沙滩小湖群在沙丘链分隔的海拔4900米高的沙漠中，呈月牙形分布着145个小湖泊 ，保护区内还有多处冰河期残留的冰川终碛湖。受构造断裂裂隙控水作用和断层阻水影响，保护区南北侧地下水量差异很大，沿断裂走向南侧，有多处断裂泉。在石灰岩底层涌出的泉水，是很好的地下水资源。保护区东北部库木库里沙山北麓坡角的沙子泉，有3口高在3920米的泉眼，其东、南、西三面被沙山环绕，呈向北开口的漏斗。最大的泉眼直径在200米以上，其它两口为50米。泉水为下降泉特点，由坡角一线以数千股散流溢出，若人立泉水中，动则下陷。明布拉克，即“千泉”之意，由近千口泉眼散布在洼地边缘而得名。这里水草丰茂，是动物寻食的好场所。其火山活动区，尚有多处待探明的高山温泉。